自动化专业是自动化类基本专业，以控制科学与控制工程、电气工程、信息工程、系统工程理论为基础，以电工技术、电子技术、计算机技术为主要手段，以“厚基础、宽培养、重能力”为特色的宽口径综合自动化专业，主要培养从事自动化相关技术研究、工程应用或技术管理的高素质、创新型、复合型人才。自动化专业培养注重素质教育，要求学生具有深厚的自动化和电子与信息理论基础，具有很强的基于计算机软硬件的综合自动化系统分析、设计与应用能力。该专业2005年成为江苏省首批品牌专业，2007年被评为首批国家级第一类特色专业建设点，2008年经教育部批准建设研究型大学控制类工程师培养创新实验区，2010年经教育部批准列入第一批卓越工程师教育培养计划，2011年入选江苏高校优势学科建设工程一期项目，2012年成为江苏省首批重点专业。
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